Ekspertë të mjedisit ngrenë alarmin për gjendjen në të cilën ndodhet Liqeni i Shkodrës. Sipas tyre depozitimi dhe grumbullimi në breg të liqenit nga mbetjet urbane shkarkimi i ujërave të zeza si dhe ndotja ndërkufitare që shkaktohet nga shkarkimi i mbetjeve kimikate të kombinatit të aluminit në Malin e Zi janë shkaktarët kryesorë që sjellin këtë masakër mjedisore.
Liqeni po përballet me nivele të larta ndotjeje, të cilat ndikojnë në cilësinë e ujit dhe të ajrit dhe kanë ndikim negativ në florën dhe faunën.
Ndërsa një tjetër problematikë është edhe gjuetia e paligjshme e peshkimit .
Liqeni i Shkodrës, Park Nacional, është liqeni më i madh dhe rajoni më i madh i peshkimit në Gadishullin Ballkanik. Liqeni, që ndan kufijtë e Shqipërisë nga Mali i Zi, ka një sipërfaqe prej 368 km katrorë, prej të cilave 149 km katrorë i përkasin Shqipërisë.
