Gjuetia e paligjshme mbetet një ndër problemet kryesore në liqenin e Shkodrës. Ky fenomen po ndikon edhe në dëmtimin e resurseve peshkore thonë ekspertët.
Ndonëse kontrollet vijojnë për parandalimin e gjuetisë së paligjshme kjo problematikë është sërish prezente. Ndërsa një tjetër shqetësim është edhe peshkimi i pa formalizuar në liqenin e Shkodrës.
Pavarësisht që është zonë e mbrojtur liqeni i Shkodrës ka disa problematika si peshkimi i pa ligjshëm, ndotja nga ujrat e zeza, të cilat ndikojnë në dëmtimin e faunës dhe florës
