Bajram Begaj është votuar zyrtarisht si Presidenti i ri i Republikës, pasi kandidatura e tij mori 78 vota pro, 4 kundër dhe 1 abstenim, në Parlament. Në total, në votim morën pjesë 83 deputetë. Pjesa më e madhe e opozitës e bojkotoi seancën, por figura të veçanta, si Monika Kryemadhi, apo Shpëtim Idrizi, ishin të pranishëm.
Socialistët kishin të garantuara 77 vota, 74 nga radhët e veta dhe 3 nga radhët e Partisë Social Demokrate. Çka do të thotë që të paktën 1 votë nga opozita ka shkuar në favor të Begajt. Në votim morën pjesë 3 deputetë të LSI dhe 3 të PDIU, por zyrtarisht nuk dihet se cili prej tyre mund të ketë votuar pro.
Begaj bëhet kështu Presidenti i 8-të i Republikës pas rënies së sistemit komunist. Ai do të marrë mandatin 5-vjeçar, zyrtarisht më 24 korrik, kur edhe të përfundojë mandati i Ilir Metës.
Pak orë para se të votohej kandidatura e tij, Presidenti Ilir Meta dekretoi lirimin e tij nga detyra e Shefit të Shtabit të Përgjithshëm të Ushtrisë, duke i hapur rrugë kalimit të kandidaturës në Komisionin e Ligjeve. Pikërisht ky moment shërbeu si pikë e nxehtë debati mes deputetëve socialistë dhe atyre të opozitës në komision.
Sipas Oerd Bylykbashit, Begaj ishte në papajtueshmëri kushtetuese për të qenë kandidat, për shkak se në momentin e propozimit si kandidaturë mbante ende detyrën e Shefit të Shtabit të Përgjithshëm, pra ishte ushtarak në detyrë.
Por sipas socialistëve ky gjykim nuk është i drejtë, pasi në momentin që kandidatura kaloi në komision, Begaj kishte dhënë dorëheqjen nga posti ushtarak aktiv.
